Þegar kemur að ávöxtun á Amazon Fulfillment by Amazon (FBA) forritinu standa seljendur oft frammi fyrir nokkrum kostnaði. Til dæmis, þegar viðskiptavinur skilar vöru, getur Amazon rukkað afgreiðslugjald, sérstaklega fyrir hluti með hátt skilahlutfall. Þetta gjald er mismunandi eftir flokkum og er ætlað að standa straum af kostnaði við endurskoðun, endurpökkun og endurnýjun á vörunni.
Þar að auki, óháð ástæðu skilanna, mun Amazon draga 20% endurgreiðsluumsýslugjald frá upphaflegu tilvísunargjaldinu. Til dæmis, ef upphaflega tilvísunargjaldið var 10, mun Amazonhalda 2 sem endurgreiðsluumsjónargjaldi. Þetta á bæði við um endurgreiðslur að fullu og að hluta.
Það er mikilvægt að hafa í huga að ef skilin eru vegna villu frá Amazon, svo sem að rangur hlutur sé sendur, verður seljandinn ekki rukkaður um nein skilagjöld. Hins vegar, fyrir skil að frumkvæði viðskiptavinarins, svo sem óánægju með vöruna, geta ofangreind gjöld átt við.